肾盂肾炎起病隐匿，病情发展迅速、不易根除、易复发，患者即坚持系统正规治疗，直至痊愈，来降低所可能带来的危害，特别是女性朋友与儿童等抵抗力较低的人群。而对于反复发作者，应通过尿细菌培养并确定菌型，明确此次再发是复发或重新感染。再制定治疗策略。
急性肾盂肾炎的抗感染治疗
新生儿，婴儿和5岁以下的幼儿急性肾盂肾炎多数伴有泌尿道畸形和功能障碍，故不易根除，但有些功能障碍如膀胱输尿管返流可随年龄增长而消失。一次性或多次尿感在肾组织中形成局灶性疤痕，甚至影响肾发育，近年来主张用药前尽可能先做中段尿细胞培养，停药后第2、4、6周应复查尿培养，以期及时发现和处理。
因引起尿路感染的主要细菌是革兰阴性菌，其中以大肠杆菌为主。初发的急性肾盂明炎可选用复方磺胺甲恶唑(SMZ-TMP)2片，日2次，或吡哌酸0.5g，日3~4次，诺氟沙星0.2g，日3次，疗程7~14天。感染严重有败血症（败血症【译】：指致病菌或条件致病菌侵入血循环，并在血中生长繁殖，产生毒素而发生的急性全身性感染。）者宜静脉给药。根据尿培养结果选用敏感药物。如头孢哌酮，阿米卡星毒素对葡萄球菌、克雷伯菌、变形杆菌，绿脓杆菌、大肠杆菌的敏感率均在90%以上。
前者1~2g，每8~12小时1次，后者0.4g，每8~12小时1次。氟喹诺酮类药物对变形杆菌、枸橼酸杆菌及克雷伯菌敏感率在80%以上。哌拉西林、氨苄西林、呋啁妥因对D群肠球菌100%敏感。用法，前2者1~2，每6时1次;后者0.1g，日3次。真菌感染用酮康唑0.2g，日3次。或氟康唑50mg，日2次。
慢性肾盂肾炎的抗感染治疗
急性发作者按急性肾盂肾炎治疗，反复发作者应通过尿细菌培养并确定菌型，明确此次再发是复发或重新感染。
复发治疗：一年内如尿感发作在3次或3次以上的者又称复发性尿感，可考虑长程低剂量治疗。一般选毒性低的抗菌药物，如复方磺胺甲噁唑或呋喃坦丁每晚一粒，服用1年或更长，约605患者菌尿转阴。男性因前列腺炎引起复发者，宜同时治疗慢性前列朱炎，选用脂溶性抗菌药物如复方磺胺甲噁唑;环内沙星0.5g，日2次;利福平0.45~0.6g，顿服，疗程宜长达3月。必要时手术切除病变。
再感染治疗：指菌尿转阴后，另一种与先前不同的致病菌侵入尿路引起的感染，一般在菌尿转阴6周后再发。妇女的尿感再发，85%是重新感染，可按首次发作的治疗方法处理，并嘱患患者重视尿感的预防。同时应全面检查，有无易感因素存在，予以去除。
温馨提示：造成急性肾盂肾炎转慢性的原因，多数是因急性期治疗不彻底所致。由于急性期症状经治疗后，往往在短短的两三天内就消失，患者常误以为已痊愈而终止治疗。殊不知，症状消失并不等于治愈，而应当在尿液中的致病菌完全消失，且经两次复查阴性之后，方可停药。