根据临床分期的判断，短肠综合征的诊断不难，重要的是需判断病程中不同的临床阶段。血常规、电解质、酸碱平衡、负氮平衡、血浆蛋白、脂类、凝血酶原、胰腺功能以及X线钡餐等检查可提供营养和胆盐代谢、胰腺功能、肠黏膜增生等方面的资料，帮助判断营养物质缺乏的程度以及明确是否存在胃酸分泌过多，胆盐缺乏，细菌过度繁殖和胰腺功能受损等诸多不利因素，以便及时对症治疗。
1、诊断条件
诊断短肠综合征，应具备下列3个基本条件。
1、小肠广泛切除的病史。
2、吸收不良及营养不良的临床表现。
3、实验室的吸收不良证据。
一、检查
1、血常规检查病人可有缺铁性贫血或巨细胞性贫血。
2、血液生化检查可有电解质紊乱及酸碱平衡失调、负氮平衡;血浆蛋白、脂类降低，类脂含量增多。
1、凝血酶原可降低。
4、小肠对糖、蛋白质、脂肪吸收试验均可降低。
5、必要时可做胰腺功能检查及尿草酸排泄测定。
6、疑有小肠污染综合征可作小肠液细菌培养和计数，如超过107/ml者为阳性。
X线钡餐检查可明确残留小肠的长度、肠内容物通过的时间、肠黏膜皱襞的情况，多次检查可作对比观察。
二、鉴别
本病主要应与其他原因引起的吸收不良相鉴别，病史、小肠黏膜内酶活性测定、新型小肠内镜检查加活检或胶囊内镜检查、血清学测定(酶及电解质)、淋巴管造影等对其鉴别均有帮助。
适应阶段常延续数月至1年。该期腹泻明显减轻，水及电解质失衡有所缓解。临床表现为营养不良性消瘦，严重者出现低蛋白血症和水肿，也可因维生素和矿物质缺乏而出现夜盲症、周围神经炎、凝血障碍性出血倾向、贫血及骨软化等。稳定期：一般经过术后1年左右时间才呈现稳定状态。由于残留的肠管已能最大限度地代偿，病情逐渐稳定，可维持相对正常的家庭生活，但仍可能有脂溶性维生素钙和其他微量元素缺乏的表现，回肠切除过多，患者可出现维生素B12的缺乏症。部分病人不可能达到完全经口营养的阶段，需借助于家庭胃肠外营养。