膜增生性肾小球肾炎(MPGN)所致肾病综合征的治疗常常比较困难。小剂量、隔天泼尼松治疗可能有利于改善肾功能。West等使用隔天口服激素长期治疗，在治疗前后比较肾活检，结果证明此法有利于肾脏的存活。目前大部分肾病学家仅做对症治疗。
膜增生性肾小球肾炎Ⅰ型的治疗，除糖皮质激素外，还可用免疫抑制药和抗凝剂。
对于各年龄段MPGN患者，如肾功能正常且仅表现为无症状轻度蛋白尿时，无须接受激素、免疫抑制药治疗。仅需每3～4个月随访1次，密切观察肾功能、蛋白尿和血压控制情况。成人和儿童原发性MPGN患者，在尿蛋白>3g/d，肾功能损害及活检发现肾间质病变时，方可给予激素、免疫抑制药治疗。
对于有蛋白尿(>3g/d)或肾功能损害的儿童原发性MPGN患者，大剂量糖皮质激素隔天40mg/m2，治疗6～12个月后可能有效。如果无效则停止服用糖皮质激素，建议密切随访，着重保守治疗(即控制血压、应用降低尿蛋白药物和纠正代谢紊乱)。
对于有蛋白尿(>3g/d)或肾功能损害的成人原发性MPGN患者，应给予阿司匹林(325mg/d)、双嘧达莫(潘生丁)治疗(75～100mg，2次/d)，或二者联合应用12个月，该治疗方案如果无效则停用。重视能够延缓肾功能衰退的因素和密切随访应是治疗计划的一部分。
隔天或每天口服糖皮质激素、静脉注射大剂量糖皮质激素、及两者联合应用。对儿童MPGN，激素治疗在减缓肾小球滤过率(GFR)下降和稳定肾功能方面有效。80例患儿大部分为Ⅰ型MPGN，应用泼尼松(强的松)40mg/m2隔天口服，平均治疗时间为13个月，61%的治疗组患儿在研究阶段肾功能稳定，而安慰剂组仅为12%。证明了儿童MPGN患者应用糖皮质激素有效。研究显示儿童的MPGN早期应用大剂量泼尼松(强的松)可有效缩短病程。但尚有争议，仍须用严格的随机对照试验来验证。
目前对Ⅱ型还没有很有效的治疗方法。由于对治疗本病的合理方案还有争论，在选择治疗方案时应慎重地权衡疗效与治疗不良反应。双嘧达莫(潘生丁)50～300mg/d，分3次服用。如有肾病综合征表现者，可用对症的方法，并试用标准疗程的激素，待减量至维持量(隔天晨顿服泼尼松0.4mg/kg)时，再维持应用较长时期，如有高血压，建议使用新阶梯法降压治疗。在实施治疗方案中应密切观察毒副作用，以扬长避短，达到治疗效果。
其他治疗包括降脂、ACEI、ARB、低分子 肝素等，近年有学者报道用霉酚酸脂(MMF)治疗本病，显示初步效果，但病例数尚少，且缺乏对照和长期观察研究。
温馨提示：细胞毒药物应用、血浆置换方法、中药治疗在一些研究治疗中获得一些疗效。临床医生在决定什么类型的患者何时进行治疗时，必须考虑疾病的预期病程和结局，以及治疗的利弊，肾功能不全的进行性发展和药物治疗引起的依从性差等因素。