慢性间质性肾病的自然病程各不相同，如能在早期治疗原发病因，常可延缓疾病的进展，有时肾功能也可获得某种程度的改善，最突出的例子是尿路梗阻的解除。如不能除去病因或疾病进展至晚期，在肾功能不全水平相当时，本病进展至终末期的速度要比慢性肾小球肾炎慢。此病在治疗上可分为中西两种治疗方法。
一、西医治疗
1、一般治疗：去除病因，控制感染、及时停用致敏药物、处理原发病是间质性肾炎治疗的第一步。
(1)尿路感染：对于细菌感染引起的慢性间质性肾炎，应用抗生素抗感染。用药时注意细菌敏感性的变化、用量和疗程，并根据肾功能状态调整药物用量，尽量选择对肾脏毒性小的药物。
(2)镇痛剂性肾病：早期诊断至为重要，作出诊断后即应停止服用有关药物。减少非那西汀投放量有助于预防本病的发生。
(3)梗阻性肾病：根据梗阻的病因解除梗阻，同时控制感染，保存肾功能。
(4)中毒性肾病：药物引起的中毒性肾病，应停用该药。重金属引起的中毒性肾病，应减少接触并用解毒药。
(5)其他原发病：其治疗可参阅有关疾病的治疗。
2、对症支持治疗：纠正肾性贫血、电解质、酸碱及容量失衡，血肌酐明显升高或合并高血钾、心衰、肺水肿等有血液净化指征者，临床应及时行血液净化治疗，急性间质性肾炎可选用连续性血液净化治疗。进入尿毒症期者，如条件允许，可行肾移植治疗。
3、促进肾小管再生：冬虫夏草有促进肾小管上皮细胞的生长、提高细胞膜的稳定性、增强肾小管上皮细胞耐受缺氧等作用，对小管间质性肾炎有一定治疗。
4、免疫抑制剂：自身免疫性疾病、药物变态反应等免疫因素介导的间质性肾炎，可给予激素及免疫抑制剂治疗。
二、中医治疗
治法与方药：
1、脾肾亏虚：治法：健脾补肾。
方药：脾肾气虚者，用五子衍宗丸加参芪;脾肾阳虚者，用无比山药丸或肾气丸加减;脾肾气阴两虚者，用参芪地黄汤加味(党参、生黄芪、麦冬、五味子、生地、山药、山萸肉、丹皮、茯苓、泽泻、杜仲、牛膝、菟丝子)。
2、肝肾阴虚：治法：滋补肝肾。
方药：用杞菊地黄汤加味(枸杞子、菊花、生地、山药、山萸肉、丹皮、茯苓、泽泻、杜仲、牛膝、桑寄生、当归、赤芍)或大补元煎加减。
3、气血两虚：治法：益气养血。
方药：用八珍汤或十全大补丸。药用党参、白术、茯苓、甘草、生地、当归、白芍、川芎、山萸肉、龙眼肉、陈皮、半夏、广木香、砂仁。
4、湿浊内阻：
治法：偏湿热用黄连温胆汤加味(陈皮、半夏、茯苓、甘草、黄连、枳实、竹茹、白蔻仁、生大黄、生姜)、三仁汤;偏寒湿用胃苓汤、湿脾汤。