链球菌性咽炎起病急，全身及咽部症状较重，体温多在38～40℃，血液检验：白细胞增多，以中性粒细胞增多为著。根据病史及临床表现诊断此病较容易。但应注意并发症的诊断及与急性传染病的前驱症状相鉴别，对小儿尤其重要。
1、咽白喉
咽粘膜充血轻，有灰白色假膜形成，覆于咽壁及扁桃体上，粘连较密，不易擦去，免强擦去，则见渗血。咽粘膜培养及涂片可检出白喉杆菌。
2、腺病毒卡他性咽炎
常伴有眼结膜炎，即所谓咽结膜热，培养无细菌生长，临床症状较轻。
3、粒细胞缺乏症
咽部粘膜呈紫红色，扁桃体表面常有溃疡，全身情况差，扁桃体周围无化脓现象，根据病史血液检验可资鉴别。
4、猩红热性咽炎
亦为溶血性链球菌感染，有发热及全身皮疹。其咽部表现不易区别，但其皮疹具有特殊性。自发病第2日起发生红色斑点状皮疹，自颈部迅速蔓延至驱干及四肢，面部潮红，口周苍白。病初有“草莓舌”，发病后3～4日则呈“杨莓舌”。恢复期皮疹消退，可有显著脱屑现象。
5、溃疡膜性咽峡炎(奋森性咽峡炎)
咽部及全身症状均轻，一侧扁桃体或咽部有溃烂面，口腔粘膜及牙龈可发生溃疡，涂片可查到奋森氏螺旋体及梭状杆菌。
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