咽峡炎的诊断根据症状、局部检查、血常规，一般诊断不难。若要明确致病菌，可进行咽拭子涂片及培养。应注意是否为急性传染病(如麻疹、猩红热、流感和百日咳等)的前驱症状或伴发症状，在儿童期尤为重要。还应与某些全身性疾病所引起的咽峡炎相鉴别，以免漏诊较严重的全身性疾病，如白血病、粒细胞缺乏症、猩红热、白喉等。
一、咽峡炎的诊断方法
(一)儿童疱疹性咽峡炎的诊断
可根据症状和特征性口腔损害作出诊断，最好通过从损害处分离到病毒或通过特征性抗体滴度升高加以证实，但这些检查并不推荐常规采用，鉴别诊断包括疱疹性口腔炎(特点为任何季节均可发病，呈现更大的，持续更久的溃疡)，复发性口疮和Bednar口疮(很少发生于咽部，而已一般无全身症状)，柯萨奇A组 10型病毒也会引起类似病变(淋巴结性咽炎)，但口咽部损害突出，呈现白色到黄色小结，治疗为对症处理。
疱疹性咽峡炎系好发于儿童的特殊发热性疾病，临床特征为骤起高热伴有咽喉痛，头痛，厌食，并常有颈，腹和四肢疼痛，在婴儿常发生呕吐和惊厥，起病2 日内口腔粘膜出现少数(很少多于12个)小的(直径1~2mm)灰白色疱疹，周围绕以红晕，多见于扁桃体前部，但也可位于软腭，扁桃体，悬雍垂，舌部等，在以后的24小时内水泡破溃变为浅溃疡，直径一般在5mm以下，1~5日内愈合，并发症少见，症状一般7日内消失，在感染后能产生持久的免疫，但A组中其他型病毒或其他肠道病毒也可能引起再次发病。
(二)樊尚咽峡炎的诊断
1. 西医诊断
根据症状及咽部检查。咽拭涂片中如找到梭形杆菌及樊尚螺旋体，即可确诊。
2.中医诊断
证候
一侧咽痛，吞咽困难，痰涎多而粘稠，口臭，检查见一侧喉核上方有溃疡并有假膜覆盖，易拭去，溃疡面可见出血点，甚则整个喉核表面均有溃疡及假膜，伴全身发热、头痛、便秘、尿黄、口渴、舌质红、苔黄、脉弦数。
辨析
①辩证
本证的特点足一侧喉核上有溃疡及假膜覆盖，拭去假膜可见出血点，局部疼痛，并有肺胃积热的全身见证。
②病机
肺胄积热，热毒上蒸咽喉，灼腐喉核肌膜，则形成喉核溃疡及伪膜，且口臭，局部疼痛以致吞咽困难;肺经有热，灼津为痰，则痰涎多而粘稠;邪热炽盛，则全身发热、头痛、口渴、尿黄;胃府积热则便秘;舌红、苔黄、脉数皆属热象。
二、咽峡炎的检查
检查可见咽峡明显充血，部分可见软腭、悬雍垂水肿。颌下淋巴结肿大，且有压痛。
儿童疱疹性咽峡炎，在软腭的后部、咽、扁桃体等处可见红色的晕斑，周围有特征性的水疱疹或白色丘疹(淋巴结节)。
樊尚咽峡炎者常有口臭，舌苔厚。病变多局限于一侧扁桃体也可累及腭弓、牙龈及咽壁。病变处覆有厚而污秽的假膜，呈黄色或灰白色，为溃疡的坏死物所构成，易于拭去，拭去后溃疡面上有小出血点。
血常规检查若白细胞总数及中性粒细胞增高，提示细菌感染，若不增高，则可能为病毒感染。