虽然目前大多数人选择胸腔镜手术治疗手汗症，并达到了较好的疗效，但是有利就有弊，胸腔镜手术治疗手汗症也存在着一些缺陷和不足，这是值得患者注意的。
术后疼痛剧烈
尽管和常规开胸手术相比创伤小了，但仍有2~6个切口需缝合，术后疼痛较剧烈，恢复至正常至少需要5~15天，切口还可能会留下较明显疤痕。
手术风险大
手术需在全身麻醉下进行，要插双腔气管导管，术中需行单肺通气，患者有二氧化碳蓄积和低氧血症的风险，以及其他的麻醉相关风险。
有相对禁忌证
胸腔镜手术必须经胸膜腔操作，如果患者有胸膜炎或胸膜肥厚、粘连，或其他胸膜腔疾病，胸腔镜手术将因不能暴露出胸交感神经而不得不放弃。另外，气管过细或有气管狭窄的患者也会因为双腔管插管困难而无法接受胸腔镜手术治疗。
并发症多
可能因胸部出血造成血胸，或因肺脏膜及肺泡破裂造成气胸。极少数病人会有Horner's综合症(眼睑轻度下垂)，这种并发症影响美观但不会影响视力，若这种并发症是永久性的，需进行美容手术纠正。