慢性肾功能衰竭是肾功能不全的第三个阶段，对于肾功能衰竭的治疗，要及早到医院里面接受检查与治疗，从而避免病情恶化，防止肾功能衰竭晚期尿毒症的发生。
原发病和诱因治疗：对于初次诊断的CRF患者，必须积极重视原发病的诊断，对慢性肾炎、狼疮性肾炎、紫癜性肾炎、IgA肾病、糖尿病肾病等，都需要保持长期治疗，同时，也应积极寻找CRF的各种诱发因素，合理纠正这些诱因有可能会使病变减轻或趋于稳定并较大程度的改善肾功能。
饮食疗法：慢性肾功能衰竭的饮食疗法历年来被认为是其基本的治疗措施，为各国学者所推崇。继往的饮食疗法一般仅限于应用低蛋白饮食，但长期低蛋白饮食会影响患者的营养状况，研究表明慢性肾功能衰竭营养不良发生率高达20%～50%，严重营养不良现认为是CRF独立的危险因素，直接同患病率与死亡率呈正相关，因此，目前的饮食疗法更倾向于给患者制定更合理的营养治疗方案。
替代疗法：包括血液透析、腹膜透析、肾移植，肾移植生活质量最高。当血肌酐高于707μmol/L或GFR10ml/min(糖尿病患者15ml/min)，且患者开始出现尿毒症临床表现经治疗不能缓解时，便应做透析治疗。在此前应让患者作好思想准备，以便对血透、腹透或肾移植作出抉择。通常应先透析一个时期，才考虑肾移植。透析疗法可替代肾的排泄功能，但不能替代内分泌和代谢功能。血液透析(简称血透)和腹膜透析(简称腹透)的疗效相近，各有其优缺点，在临床应用上可互为补充。
1、血液透析，应预先(血透前数周)做动-静脉内瘘(血管通路);透析时间每周≥12h，一般每周做3次，每次4～6h;坚持充分合理的透析，可有效提高患者的生活质量，不少患者能存活20年以上。
2、腹膜透析，持续性不卧床腹膜透析疗法(CAPD)对尿毒症的疗效与血液透析相同。CAPD尤适用于有心脑血管合并症患者、糖尿病患者、老年人、小儿患者或做动-静脉内瘘困难者。CAPD是持续地进行透析，尿毒症毒素持续地被清除，血流动力学变化小，保护残存肾功能优于血透，对存在心脑血管疾病的患者较血透安全。使用双联系统，腹膜炎等并发症的发病率已显著降低。
并发症的治疗：
心包炎，心包炎重在预防。通过透析疗法将BUN降低60%以上可预防尿毒症性心包炎。
有严重胸痛者需用止痛药。阿司匹林及含阿司匹林药物止痛效果不明显，而且可加重出血倾向导致心包腔出血。哌替啶(度冷丁)潴留可引起精神错乱和癫痫发作，均不宜使用。吗啡对止痛有效。
考虑到心包炎是一种炎症性疾病，有人主张用非甾体类抗炎药(NSAIDs)，可直接注入心包腔内，以减少粘连，但效果不肯定。