肾结石患者应根据自己的结石成分遵循医嘱进行药物治疗，若不对症治疗可造成患者体内结石成分在尿液中沉淀增加，如果对症下药，则可以达到降低危险因子，化解尿液中结石成分的沉淀。
药物治疗肾结石
1.维生素B6、氧化镁：维生素B6可促使柠檬酸在尿液中与钙结合，减少草酸钙结晶的机会，可用来预防草酸钙结石。氧化镁本来是消化药、软便剂，也可用来预防草酸钙结石。但是镁本身也是发炎结石的成分，因此患者若有发炎的尿液则不宜使用。
2.柠檬酸钾：柠檬酸钾是目前最常用预防结石的药物，尿中的酸碱值和柠檬酸值与尿路结石的形成有非常密切的关系。例如在酸性尿液中，尿酸的溶解度极低，容易造成尿酸结石，而在碱性尿液中，则磷酸钙或磷酸表镁结石极易形成。由于柠檬酸钾可提供大量的柠檬酸和提升尿中的pH值，所以对于尿酸结石，低柠檬酸钙结石症和肾小管中毒症引起的钙结石症有治疗效果。
3.降尿酸药：不但可治疗尿路结石也可预防高尿酸钙结石，对于有纯尿酸结石或高尿酸钙结石患者，每天服用200毫克~300毫克。