调节免疫
许多实验都证实灸疗具有增强免疫功能的作用。灸疗的许多治疗作用也是通过调节人体免疫功能实现的，这种作用具有双向调节的特性，即低者可以使之升高，高者可以使之降低，并且在病理状态下，这种调节作用更明显。
药理作用
灸疗的用药情况，虽比不得内治法丰富，但从各种隔物灸及太乙、雷火针灸在临床应用的情况看也可窥灸疗辨证论治之一斑。特别值得一提的是，灸疗主要原料艾的功能。清代吴仪洛在《本草从新》中说：“艾叶苦辛，生温熟热，纯阳之性，能回垂绝之亡阳，通十二经，走三阴，理气血，逐寒湿，暖子宫，止诸血，温中开郁，调经安胎，……以之艾火，能透诸经而除百病。”可以毫不夸张地说，离开了艾，灸疗学就不存在了。
综合作用
灸疗作用于人体主要表现的是一种综合作用，是各种因素相互影响、相互补充、共同发挥的整体治疗作用。
首先，灸疗的治疗方式是综合的。如冬病夏治，以白芥子等药物贴敷膻中、肺俞、膏肓治疗哮喘的化脓灸，以及以隔附子饼灸肾俞等穴的抗衰老等，其方式即包括了局部刺激(局部化脓灸、隔物灸)、经络腧穴(特定选穴)、药物诸因素，他们相互之间是有机联系的，并不是单一弧立的，缺其一即失去了原来的治疗作用。
其二，治疗的作用是综合的。灸疗热的刺激对局部气血的调整，艾火刺激配合药物，必然增加了药物的功效，芳香药物在温热环境中特别易于吸收，艾灸施于穴位，则首先刺激了穴位本身激发了经气，调动了经脉的功能使之更好地发挥行气血、和阴阳的整体作用。
其三，人体反应性与治疗作用是综合的。治疗手段(灸疗)——外因只能通过内因(人体反应性)起作用，研究人员发现，相同的灸疗对患相同疾病的患者，其感传不一样，疗效也不尽相同，究其原因，就是人体的反应性各有差异。以上诸因素，在中医整体观念和辨证论治思想指导下，临证进行合理选择，灵活运用，方能发挥灸疗大的效能。
温经散寒
人体的正常生命活动有赖于气血的作用，气行则血行，气止则血止，血气在经脉中流行，完全是由于“气”的推送。各种原因，如“寒则气收，热则气疾”等，都可影响血气的流行，变生百病。而气温则血滑，气寒则血涩，也就是说，气血的运行有遇温则散，遇寒则凝的特点。所以朱丹溪说：“血见热则行，见寒则凝”。因此，凡是一切气血凝涩，没有热象的疾病，都可用温气的方法来进行治疗。《灵枢·刺节真邪》篇中说：“脉中之血，凝而留止，弗之火调，弗能取之”。《灵枢·禁服》亦云：“陷下者，脉血结于中，血寒，故宜灸之”。灸法正是应用其温热刺激，起到温经通痹的作用。通过热灸对经络穴位的温热性刺激，可以温经散寒，加强机体气血运行，达到临床治疗目的。所以灸法可用于血寒运行不畅，留滞凝涩引起的痹证、腹泻等疾病，效果甚为显著。
行气通络
经络分布于人体各部，内联脏腑，外布体表肌肉、骨骼等组织。正常的机体，气血在经络中周流不息，循序运行，如果由于风、寒、暑、湿、燥、火等外因的侵袭，人体或局部气血凝滞，经络受阻，即可出现肿胀疼痛等症状和一系列功能障碍，此时，灸治一定的穴位，可以起到调和气血，疏通经络，平衡机能的作用，临床上可用于疮疡疖肿、冻伤、癃闭、不孕症、扭挫伤等，尤以外科、伤科应用较多。
扶阳固脱
人生赖阳气为根本，得其所则人寿，失其所则人夭，故阳病则阴盛，阴盛则为寒、为厥，或元气虚陷，脉微欲脱，当此之时，正如《素问·厥论》所云：“阳气衰于下，则为寒厥”。阳气衰微则阴气独盛，阳气不通于手足，则手足逆冷。凡大病危疾，阳气衰微，阴阳离决等症，用大炷重灸，能祛除阴寒，回阳救脱。此为其他穴位刺激疗法所不及。宋代《针灸资生经》也提到：“凡溺死，一宿尚可救，解死人衣，灸脐中即活”。《伤寒论》指出：“少阴病吐利，手足逆冷……脉不至者，灸少阴七壮”。“下利，手足厥冷，烦躁，灸厥阴，无脉者，灸之”。说明凡出现呕吐、下利、手足厥冷，脉弱等阳气虚脱的重危患者，如用大艾炷重灸关元、神阙等穴，由于艾叶有纯阳的性质，再加上火本属阳，两阳相得，往往可以起到扶阳固脱，回阳救逆，挽救垂危之疾的作用，在临床上常用于中风脱症、急性腹痛吐泻、痢疾等急症的急救。
