对口服药物后症状不能得到控制;结石引起无尿(一般见于独肾)或合并感染;直径大于6mm的结石自行排出的可能性极小，应采取积极的方法治疗。
2.非手术治疗
尿石症的治疗方法很多，应根据患者的全身情况、结石部位、结石大小、结石成分、有无梗阻、感染、积水、肾实质损害程度以及结石复发趋势等来制订治疗方案。在结石比较小、没有肾积水及其他并发症，估计结石可以自行排出的情况下，常先进行中西医结合治疗。大部分患者经中西医结合治疗后，结石会自行排出。对经过一段时间治疗，结石仍未排出的患者，应采取其他治疗(如体外冲击波碎石)或及时进行手术治疗，以保护肾功能。对各种原因引起的代谢性结石应当根据具体情况选择相应的药物治疗(如用药物降低血、尿中的钙、磷、尿酸、草酸、胱氨酸等)。
(1)多发结石的治疗原则：
①对双侧肾结石，先处理肾功能较好的一侧结石;如两侧肾功能相似，则先处理容易手术的一侧肾结石。
②当同时有肾结石和输尿管结石时(同侧或双侧)，一般先处理输尿管结石，然后再处理肾结石。
③上尿路和下尿路结石同时存在时，如下尿路结石并未造成梗阻，则先处理上尿路结石;如上尿路结石还没有影响肾功能，则可先处理下尿路结石。
(2)总攻疗法：“总攻疗法”是指在短时间里采用一系列的中西医结合手段，增加尿流量、扩张输尿管、增强输尿管蠕动，促使肾、输尿管结石排出的方法。适用于直径<4mm的肾结石或输尿管结石。虽然“总攻疗法”一般费时较长，患者需耐受排石的痛苦，排石的效果并不肯定，近年来已极少有单位用此方法治疗尿石症了，但在许多基层医疗单位仍不失为一种可行的治疗手段。
(3)高钙尿的治疗：
①多饮水：以增加尿量，降低形成结石成分的尿饱和度。
②调整饮食结构：主要是减少奶及奶制品、动物蛋白的摄入，多摄入含植物纤维素多的食物。
③噻嗪类利尿剂：噻嗪直接刺激远曲小管对钙的重吸收，促进钠的排泄，可使结石的形成降低90%，被广泛地用于复发性草酸钙结石患者。30%～35%的患者中有副作用，其中大部分患者会因此而终止治疗。长期的噻嗪治疗可导致体液减少、细胞外容量减少、近曲小管对钠和钙的重吸收。噻嗪也促进甲状旁腺素对增加肾钙重吸收的作用。噻嗪对肠道钙的吸收没有影响，而在肾性高钙尿患者则减少。
④磷酸纤维素钠：口服后能在肠道内与钙结合而降低肠钙的吸收。对于吸收性高尿钙症，可联合应用磷酸纤维素钠、补充镁及限制饮食中的草酸等方法，以减少尿钙、减少钙盐的结晶，又能保持骨密度及临床的疗效。
