采用高效液相层析分析法可测定β肽链的含量，Cooley贫血时，β/α比值<0.1(正常值为1.0～1.1)。因本病多为点突变，故常用PCR加ASO才能明确突变点，我国各民族的β地贫基因突变情况有一定差异，南方汉族的突变基因以CD41-42(-TCTTT)、CDL7(A→T)、IVS-Ⅱ-654(C→T)和TATA-box28(A→G)为主，占85%～90%。双重杂合子的突变组合可达近100种。而地中海贫血时有不同程度的比例失衡。另外应用 8M 尿素进行肽链裂解，使α链和β链分开，可分别检测各肽链的病变。
7、膜收缩蛋白定量
较电泳更敏感更精确。
8、骨骼X线检查
骨髓腔增宽，皮质变薄和骨质疏松，颅骨的内外板变薄，板障加宽和短发样骨刺形成。
9、常规做X线、B超、心电图等检查。
以上9种方式就是一般情况下，小儿β地中海贫血患者会进行的检查了，通过上述中这些检查方法可以很好的查出患者是否患有小儿β地中海贫血，以及病情的严重程度。
小儿β地中海贫血的鉴别
本病需与以下疾病鉴别
1、缺铁性贫血
需注意与发生于婴儿期重症缺铁性贫血区别。轻型地中海贫血的临床表现和红细胞的形态改变与缺铁性贫血有相似之处，故易被误诊。但缺铁性贫血是由于体内缺少铁质而影响血红蛋白合成所引起的一种常见贫血。在红细胞的产生受到限制之前，体内的铁贮存已耗尽，此时称为缺铁。这种贫血特点是骨髓、肝、脾及其他组织中缺乏可染色铁，血清铁浓度和血清转铁蛋白饱和度均降低。世界各地可见。其病因：一是铁的需要量增加而摄入不足，二是铁的吸收不良，三是失血过多等，均会影响血红蛋白和红细胞生存而发生贫血。鉴别:缺铁诱因，血清铁蛋白含量减低，骨髓外铁粒幼红细胞减少，红细胞游离原叶琳升高，铁剂治疗有效等。
2、血红蛋白E病
该病是由于珠蛋白基因发生点突变，β-珠蛋白链上某种氨基酸被另一种氨基酸取代，使血红蛋白的性质和功能发生变化而引起的疾病。与本病相似，但本病Hb电泳可见HbE>30%。
3、红细胞G-6PD缺乏所致先天性非球形细胞性溶血性贫血(CNSHA)
重型者与本病临床表现相似。但前者自幼年起出现慢性溶血性贫血，表现为贫血、黄疸、脾肿大;可因感染或服药而诱发急性溶血。G-6PD活性降低，红细胞Heinz小体生成试验阳性，HbF含量正常可鉴别。
