(4)隔离传染源
对本病患者严格执行呼吸道隔离，是重要的预防环节。隔离期自起病开始，为期7周;或痉咳开始，为期4周。密切接触的易感儿(特别在集体机构中)需检疫3周。成人患者需注意避免接触小儿。疫源地只需通风换气。
(5)保护易感者
主动免疫
目前常用白百破(DPT，白喉类毒素、百日咳疫苗、破伤风类毒素)三联疫苗，对出生3～6个月的婴儿进行基础免疫，皮下注射三次。在流行期，1个月的患儿即可接受疫苗接种。强调全程免疫，以后再按规定加强。百日咳疫苗偶可引起脑病等神经性反应，故原有脑部疾患或惊厥性疾病、或首剂百日咳疫苗注射后曾有惊厥者，一概不应再予注射。
乙型脑炎流行季节也不进行百日咳疫苗注射。现用的全细胞百日咳疫苗虽发挥了一定的作用但效果尚不够理想，免疫后再患百日咳的儿童和成人发病者屡有报道。
无细胞百日咳疫苗：即使用百日咳杆菌的某些组成部分，而不是用全个百日咳杆菌制成的百日咳疫苗，其保护效果较全细胞百日咳疫苗好，同时避免了全细胞疫苗的副反应。1981年日本Sato开始用以百日咳毒素(Pertussiu Toxin PT)和丝状血凝素(Filamentous hemagglutmin FHA)为主要组分的无细胞百日咳疫苗获得成功。
英、美、瑞典等国家随后研制各种无细胞百日咳组分的疫苗用于人群得效果。已证实无论何种无细胞百日咳组分疫苗，百日咳毒素(PT)抗原是必不可少的成分。进一步研究揭示百日咳毒素单克隆抗体(PT-McAb)具有特异性中和体外和体内百日咳毒素的多种生物学活性的特征，同时也具有防御百日咳杆菌感染的保护作用。
被动免疫
对幼婴或体弱者，于接触病人后可给百日咳高效价免疫球蛋白，但预防和减轻症状的效果不显著，故应用者少。
(6)药物预防 婴儿接触病人后，即给红霉素每日50mg/kg，分4次口服，连用10～14天，效果较好。
预后
与患者年龄、一般健康情况、有无并发症有关。近年来由于多能早期治疗，病死率显著降低;但新生儿和幼婴易并发肺炎和脑病，预后仍危重。佝偻病患儿感染百日咳，病情多较重。
