因多为全身感染，故在粪便、血液、尿、痰以及淋巴结、肺、肝、胃肠粘膜、骨髓等活检标本的涂片，培养均有结核菌的存在，在诊断上意义较大。
治疗可用抗结核药物。由于结核菌可以通过飞沫感染等方式向健康人扩散，对可疑并发结核病的AIDS患者应服用雷米封预防。
三、深部真菌感染症
1.念珠菌病(Candidiasis)念珠菌感染是机会真菌症中常见的一种。
在AIDS中显得优为突出，除了合并皮肤、口腔浅部念珠菌感染外，还可引起食道念珠菌病。
可出现体重减少，倦怠感，非特异的消化系统症状主要有咽下困难，胸骨后疼痛。诊断可进行白色念珠菌分离。
AIDS早期诊断依据中，本症占很重要的位置。治疗，采用抗真菌剂，可使症状好转，但易再发，显示难治性。
2.隐球菌病(Cryptococcosis)AIDS患者合并隐球菌病的发病率为6%，以脑脊髓膜炎为多见。
亦可合并肺隐球菌病或隐球菌心外膜炎，临床上主要表现为发热、头痛、倦怠感、羞明、精神状态变化、痉挛等症状。
脑脊液检查在诊断上很重要，蛋白、细胞数增加，髓压升高，糖减少等。
四、原虫、寄生虫侵染
卡氏肺孢子虫性肺炎(Pneumocytsis carinii pneumonia PCP卡氏肺炎)。卡氏肺孢子虫是众所周知的典型的机会感染的病原体之一。
一般在健康人的肺泡中也有寄生，但多为不显性，也是人畜共患的一种疾病。
当其宿主免疫功能受某种原因使其减退时得以繁殖及发挥其病原性，在AIDS中由于免疫系统受到损害，而导致卡氏肺孢子虫肺炎的发生。
