3、转基因大豆及其产品可能对人体产生过敏反应
全世界有近2%的成年人和4%—6% 的儿童发生过食品过敏，而90%的过敏是由蛋、鱼、贝壳、奶、花生、大豆、坚果和小麦8种食物引起的 。转基因大豆由于其引入外部基因所以可能对人体更容易产生过敏反应。世界上一些国家的事实也证实 了转基因大豆存在一定过敏性。
4、转基因大豆及其产品可能会影响人体对抗生素产生抗性
转基因大豆中引入了外部基因 ，如果这些抗生素标记基因进入人体，则有可能转移到有害的致病菌中，从而使它们产生耐抗生素的能力，降低抗生素的临床有效性，也可能使人体对很多抗生素产生抗性。
5、转基因大豆中存在未知DNA，可能带来新的不安全
人类对转基因大豆的研究很可能超出人类控制的范围，转基因大豆很可能发生人类没有预料到的变化，当然也可能给人类健康安全带来新的风险。
美国大豆油生产与我国传统压榨法不同，而是采用“油浸法”炼油。所谓 “油浸法”，是用6号汽油泡，然后再加温蒸发掉汽油。问题是，汽油中含有致癌的杂质，这 些杂质就保留在转基因大豆油中。转基因大豆+“油浸法”炼油，吃下这种油会得怪病。尤其 不要给小孩吃，大家千万小心，尽可能避免吃这种油。现在我国市场上的食用油主要由三大公司生产， 其中美国独资控股的占60%，到处都是的“金龙鱼”食用油就是美国公司生产的。
转基因食品的确存在五大隐患
一是毒性问题
一些研究学者认为，对于基因的人工提炼和添加，可能在达到某些人们想达到的效果的同时，也增加和积聚了食物中原有的微量毒素。
二是过敏反应问题
对于一种食物过敏的人有时还会对一种以前他们不过敏的食物产生过敏。
