孙禄堂云游归乡后，闭门研究武学，并创办“蒲阳拳社”，使研究与教学互辅，相互印证，得以总结拳理。孙禄堂认为拳术的本质是拳与道合。作为一切拳术的基础是内劲，即人体内中和之气的顺、逆、合、化。孙禄堂根据易经和丹经先后创立“先后天八卦相合理论”和“以内丹修为为表征的拳学进阶理论”。前者揭示出人体内部功能系统间的协调育化与外部运作系统间的对应关系，以及人体生物场与宇宙场之间的对应关系。后者则揭示出拳术修为进阶的基础和本质。因此，孙禄堂根据他的研究对形意拳、八卦拳都进行了提炼和创新。由此产生的孙氏形意拳和孙氏八卦拳都具有深刻而鲜明的内涵和风格---中和。而中和也正是太极拳的本质。
虽然那时孙禄堂尚未系统学习太极拳，但他通过对形意拳、八卦拳的深刻掌握和对丹经、易经的深入研究，以及他那登峰造极的内功基础，使他已经能在内劲上完全修悟到了太极拳的内容。1912年，当孙禄堂与太极拳大师郝为真接触时，郝为真深感惊讶，对孙禄堂说:“异哉!吾一语而子通悟胜专习数十年者。”(见《拳意述真》陈微明序)其原因就在于，三拳在本质上是相通的。孙禄堂通过对形意、八卦、太极长期深入的研修，感到有创立新拳的必要。其目的是使习拳者少走弯路，速悟拳术之真谛---练出体内一派纯正的中和之气---圆满的内劲，直至拳道相合的境地。
孙禄堂认为形意、八卦、太极是一个有机的拳学整体，三者的关系是互补、互融，并将此精辟地比喻为“天”、“地”、“人”。他说:“三派拳术之道始于一理，中分三派，末复合为一理。其一理者亦各有所得也，形意拳之诚一也，八卦拳之万法归一也，太极拳之抱元守一也。”因此，他所创造的孙式太极拳是以太极阴阳互济，极尽柔顺之至为体;在运作的过程中参以内外八卦相合之理，求以动中之静，内外合一，以极尽中和灵变之妙;在运作的每一时刻，则以形意拳之桩步蕴育体内一触即发之本能;在运作的状态上，以“顺中用逆，逆中行顺”为法则，统驭起钻落翻之义;在运作的心理上，以无为养神为本，虚中以求中和为用，达致“不求胜人而神行机圆人亦莫能胜之”之能。故孙式太极拳的功能具有如下三大特征:
(1)极尽柔顺中和之至。
(2)极尽灵活巧变之至。
(3)极尽整实猛烈之至。
