1632陈司成《霉疮秘录》较早的梅毒专书。
1640张景岳《景岳全书》有关内科疾病的综合性医籍，包括理论、诊断、治疗、各家论述评议、经验、方剂等。是论述理论与临症各科诊治的全书。
施沛《祖剂》收集明代以前方剂，并加以归类 述。对古代方剂学有参考价值。
1642吴有性《温疫论》创立「戾气」学说，即现代有关细菌或病毒性传染病学说，对传染病的发展有突出贡献。
李中梓《内经知要》《内经》精简注释
清 (公元1644 - 1911年)
1644傅仁宇《审视瑶函》记载眼科病证108证，308余方剂，附有插图，又称为《眼科大全》。
1665祁坤《外科大成》记有外科辨证论治要点与常用方剂。
1669柯琴《伤寒来苏集》为《伤寒论注》《伤寒论翼》《伤寒附翼》合编本。
1670张志聪《黄帝内经素问灵枢集注》使《内经》的不少疑难问题得到阐明。
1682汪昂《医方集解》一本应用较广的方书。
1687赵献可《医贯》强调「命门之火」的重要，提倡温补疗法。
李用粹《证治汇补》收集了内科杂病的各家论述和经验，共载80余种病症的辨证论治。
1694汪昂《本草备要》介绍药性专书，书中已明确地指出吸烟的祸害。
《汤头歌诀》中医方剂学重要入门书。
张璐《张氏医通》医学丛书，记载古今各科医学知识，还介绍了接种人痘方法。
1695夏鼎《幼科铁镜》对儿科的推拿疗法颇为重视，阐述了作者本人的经验与见解;对于指纹望诊及惊病的各种病证也提出不同的看法。
1697王宏翰《古今医史》有关医学史论述。
1723蒋廷锡《古今图书集成》受命于清政府编辑的大型类书，内有《医部全录》520卷。
1729尤怡《金匮要略心典》对《金匮要略》进行校正、注释和阐述，说理清楚。
