二、与欧洲、印度、非洲的医药交流
此时期中国与阿拉伯诸国并通过这一途径与欧洲各国医药交流频繁，元代蒙古人西进与欧洲人多次交战，此时西方诸国也曾派遣传教士来华，并在北京设有主教和教堂。这一切都促进了东西方医药的交流。法国传教士卢白鲁克受法兰西国王圣路易之命，出使挞靼诸王之廷，他著有《纪行书》，其中谈到了中国的风土人情和医药情况：他本人原通医术，曾在教堂中为平民百姓治过病。
元蒙时把西方来的医师和阿拉伯医师视同一体，因为中古时代的阿拉伯是沟通中亚与欧洲文化的渠道，很多希腊文译成阿拉伯文，从某种意义上说，当时阿拉伯和欧洲的科学文化是融为一体的。因此传入中国的回回药中有阿拉伯医药成份，但更主要的还是希腊、罗马医学的体系。
三、与朝鲜医药交流
契丹、女真聚居地与朝鲜直接接壤：据《高丽史》载，在古代，契丹与朝鲜、女真与朝鲜之间经常不和，也有修好之时，修好之时互贡方物，进行文化交流。
元代，中朝两国之间的医药交流比较密切。两国之间互派医生诊病传医术。元世组至元十二年(1276)八月，元帝遣德新等医生抵高丽王宫，至元三十年，(1293)十一月，高丽王派将军高世来中国向元帝请求派医生，同年十二月，元帝派太医姚生赴高丽。元成宗元贞三年(1297)六月，元遣太医王得中、郭耕去高丽。元末，中国河间人李敏道去高丽留居，高丽授予他为典医正和尚山君，于1395年在朝鲜去世。朝鲜也派医生来中国从事医疗。元世祖至元二十二年(1296)三月，元世祖帝有病求高丽派良医。高丽先后两次派尚药侍医薛景成来元朝廷，为元帝治病，对此，元世祖帝“赏赐甚厚”。
医事制度方面，高丽忠烈王沿用元制，在司医署里配备“提点”二名，给银印。元代的征东行省里设了医学提举司，一个时期由高丽医人担任了这个司的官职。
元代两国之间的药材交流比较频繁。据《高丽史》载，元世祖至元年间，成宗贞元、大德年间以及顺帝至正年间，高丽忠烈王和恭愍王先后八次遣使来中国向元朝廷献人参、松子、木果、榧实等药物，元朝廷先后九次向高丽王惠赠葡萄酒和香药等药物。元世祖中统八年(1267)九月，元世祖患脚肿病，闻见阿吉儿合蒙皮(一种鱼皮)做的鞋能治此病，故派必暗赤廉孛鲁等9名使者去高丽求此物，高丽元宗王将17个阿吉儿合蒙皮赠送元使。在元代，高丽通过中国输入引沉香等南国产药物。据《高丽史》载，元惠宗年间，浙江、江苏一带的地方官张士诚、张国珍、王晟等人经常向高丽赠送了沉香等南国药物，烧酒蒸馏法也是在元代传去朝鲜的。
四、与日本的医药交流
元朝对日本的海禁不严，甚至颇为宽大。日本方面，商人来华颇多，无名僧人更多，且皆为搭乘商船到华，由政府派遣者不多。这些商船贸易以织物类为主，但香药自古仰仗中国供给，这个时代自不例外。
此期间，日本国内有名医于嘉元元年(1303年)撰《顿医抄》50卷，正和四年(1315年)又撰《覆载万安》62卷(刘伯骥《中国医学史》第671页，华岗出版部出版，台北，1971年)，内容与《医心方》相近，据说其自称读方书二百余部、二千余卷，皆汉魏唐宋经验之方，加以试效而纂集并附己意而成。内容大抵引述宋以前中国医籍，而新奇疾病名目增加，病理主探五运六气学说。又有僧有邻于贞治年间(1362～1367年)撰《褐田方》12卷，集和汉医著100余部，亦蔚为大观。
