针灸治疗
这时针灸医疗的应用非常普遍，很多腧穴及其疗效已被证实， 更创作出新的应用手法。1331年由窦圭方出版的《针灸四书》是此期的代表。举例书中论述之 腧穴鸠尾(见图)，可应用于心悸、癫痫等。
与现代中医针灸治疗的指引相近。此外不只是中国人发展了针灸事业，蒙古人亦作出贡献。传统蒙古医术如"蒙古灸"、刺血疗法等也引入了中医系统。
跌打创伤科
由于长期战争，蒙古族又崇尚骑射，造就了外伤科的发展。代表元代在外科学的成就，有齐德之于1335年撰《外科精义》一书。此书共两卷，上卷描写外科治疗小手术，特别是皮肤科治疗方面，下卷载汤、丸、膏、丹等方剂。
他的其中一个创新是用光合疗法治疗皮肤病。另外，对外科疾病的病因、病机及诊断方面，又提出新的观点。
与齐德之同时期，还有危亦林撰于1337年的《世医得效方》。此书充分表现了危亦林在骨科上的高超技巧，他精于骨折及骨关节脱位整复与固定。书中记载之麻醉药如蔓陀罗、乌头等的应用亦是先例。
危亦林是应用脊椎骨折悬吊复位术的先驱者;相对西医学方面，要直到1927年，英国医生达维斯才提出此法。
元代皇家厨师忽思慧，于1330年撰《饮膳正要》一书。从健康人的实际饮食需要出发，以正常人膳食标准立论，制定了一般饮食卫生法则。图文并茂，为中国第一部完整的饮食卫生与食治疗法的专书。
也是一部古代有价值的食谱。他特别提倡中庸之道，认为饮食要平均配合，不可过量。书中列出230种五谷类、肉类、鱼类水产及生果疏菜等食品，并确实其营养价值。如对狗肉的描写有："犬肉味咸、温和无毒、安五脏………。"
其他重要贡献
金元时期，其他贡献还有儿科医师曾世荣于1294年着的《活幼心书》。
