皮蛋可分为含铅皮蛋和无铅皮蛋
前者是将生石灰、纯碱、茶叶、食盐、氧化铅等原料加水混合后腌制而成的，加入氧化铅可以促进配料均匀，快速地渗入蛋中，也可使皮蛋迅速凝固，易于脱壳。由于铅的危害较大，过量或长期摄入后，沉积在体内的铅会损害人体神经系统，影响健康。如今不少厂家将氧化铅换成氧化锌，制成无铅皮蛋，食用相对更安全。 但是，“无铅皮蛋”并不是一点不含铅，只是铅的含量比原来要低得多，它虽然对成年人的健康影响不大，但儿童好还是少吃或不吃，因为儿童对铅非常敏感，肠道内的吸收率高达50%。
皮蛋之所以有特殊风味，是因为经过强碱作用后，原本具有的含硫氨基酸被分解产生硫化氢及氨，再加上浸渍液中配料的气味，就产生特有的味道了。而皮蛋的颜色则是因蛋白质在强碱作用下，蛋白部份会呈现红褐或黑褐色，蛋黄则呈现墨绿或澄红色。正常的皮蛋，剥开之后蛋白呈暗褐色的透明体，具有一定韧性;变质的皮蛋，蛋白则为浅绿色，蛋黄呈现黄色，韧性差，较松散。看起来变质或有异味的皮蛋，以及蛋壳破裂的皮蛋，都不能食用。铅、铜含量高的皮蛋，蛋壳表面的斑点会比较多，剥壳后也可看到蛋白部份颜色较黑绿或偶有黑点，不宜选购。传统方式制造的皮蛋，有些会在蛋壳表面包裹着红土及稻草等，其实并不卫生，也不方便由外观判断含铅量，并不适合购买，建议应选购包装完整、标示清楚的产品。
干净的皮蛋蛋壳表面只有四五百个细菌，而一些土办法加工的皮蛋蛋壳表面细菌多达上亿个。这些细菌若大量附在皮蛋上，吃后就很容易发生中毒。
