随着现代解剖学的完善和深入，藏象学说与人体的客观形态结构形成了越来越尖锐的矛盾。为了掩盖中医的根本性缺陷，现代中医声称中医的脏腑不是解剖学的实体器官，而是功能性为主的综合概念。这个观点实际上否定了中医曾经有过粗浅的解剖观察，不承认中医初的解剖学实践，是真正的数典忘祖。
中医历史上真正的解剖学研究始于清代医生王清任(公元1768-1831)，王清任感叹道：“业医诊病，当先明脏腑”、“本源一错，万虑皆失”、“著书不明脏腑, 岂不是痴人说梦”、“治病不明脏腑，何异盲子夜行”。王清任多次在坟场和刑场观察尸体，获得了一些解剖学知识，并著成《医林改错》一书。
虽然王清任的解剖学成就还远不如1500年前的盖伦，但他尖锐地指出了“古人错论脏腑，皆由未尝亲见”，显示出以客观事实为依据的探索精神。《医林改错》揭示了中医在解剖学上的欠缺和错误，勇敢地挑战了《黄帝内经》和《伤寒杂病论》等经典理论。遗憾的是，王清任有理有据的客观观察被当时的主流中医体系坚决地排斥了，以陈念祖和陆九芝为代表的所谓“儒医”视人体解剖实践为异端邪说和左道旁门，咒骂王清任“不仁”、“狂徒”、“邪人”。
王清任一个简单的解剖观察就足以颠覆千年以来中医“司外揣内”、“以表知里”得出的错误观点，从而使整个中医理论体系崩溃，这是王清任的观点不被接受的原因。顽固的保守势力出于自身利益无情地扼杀了王清任推动中医向前发展的可贵探索。
由于完全背离了客观事实，中医理论被迫采取了封闭的形式来维护自己。时至今日，中医仍然拒绝一切科学标准和客观事实的检验，甚至不容任何质疑。因为中医支持者们很清楚，中医只是一个虚幻的高楼，只要证明了其中一块砖不存在，就等于所有的砖都不存在，整个高楼也就不存在了。假如承认了中医对肾的描述和理解是错误的，那么五脏六腑又有哪个不是错误的?阴阳五行、藏象经络、病因病机、辨证施治、理法方药等一系列理论瞬间就灰飞烟灭了。
令人惊异的是，没有解剖学基础的中医居然能臆想出一整套牵强附会的理论来维护自己的虚无;更加奇特的是，这样的“医学”至今还受到宪法、法规和行政的庇护，与现代医学并列于中国的医疗体系中。
