起源时期与背景各异的传统医学均强调了解剖学知识，这说明人类在认识人体和疾病的过程中具有相当的一致性。中医也不例外，《黄帝内经》中提及的脏腑初都是建立在解剖观察基础上的实体器官或组织。
与大约同时期的古希腊及古罗马医学的解剖知识相比，中医仅仅对人体部分器官进行了粗浅的观察而没有形成系统的解剖学知识。其中的含混和错误比比皆是，如并不存在的三焦使中医界2000年来争吵不休;以十二经水附会出来的十二经脉更是成为中医的笑柄。这一时期中医的解剖学水平还处于低级的层面上，中医对消化道长度的描述是唯一接近客观事实的解剖学成就。
文艺复兴以来，达芬奇完成了《人体构造》这一巨著，纠正了盖伦的许多错误。此后，英国学者哈维创建了血流循环学说，并使生理学从解剖学中分离;意大利人马尔匹基利用显微技术创建了组织学;西班牙人卡哈则成为神经解剖学的创始人。
令人遗憾的是，中医解剖学并没有随着时间的推移走上正确的道路。2000年过去了，中医的解剖学知识仍然停留在《黄帝内经》的原始阶段。其根本原因在于研究方法的错误，中医在解剖学的研究上由直接观察转向了“司外揣内”、“以表知里”、“取象比类”等黑箱方法，基于“有诸内，必形诸外”的错误原则，以主观揣测代替了实际观察，从而抛弃了对实体直接观察这一必须方法，使得中医理论中几乎没有了结构实体，取而代之的是模糊不清的功能性臆想。
自《黄帝内经》始确立的藏象学说成为代替解剖学的独特理论。明代张介宾对此解释为：“象，形象也，藏居于内，形见于外，故曰藏象”。由于中医不做解剖学观察，所谓的“藏”无法确切定义和描述，只是为了附会“象”而存在的随意性很强的模糊概念。藏象学说现在被用来掩盖粗鄙的中医解剖学知识，逃避现代解剖学揭示的客观事实。
藏象学说建立在解剖学基本缺失的基础上，这必然会导致其带有浓厚的自然哲学色彩。恩格斯对自然哲学的评价是“用理想的、幻想的联系来代替尚未知道的现实的联系，用臆想来补充缺少的事实，用纯粹的想象来填补现实的空白”。而中医在解剖学上恰恰是未知的、缺少的、空白的，中医理论在主观臆想的驱使下走上了错误的道路。
