当然，我们不必苛求张仲景具有微生物的概念。但是，今天的中医在确凿的事实面前仍然拒不接受微生物学，顽固而又愚昧地用风、寒、暑、湿、燥、火等六淫外感之邪来解释传染病的病因，尽显其反科学和伪科学的丑恶嘴脸。用这种完全错误的理论去治疗传染病，近2000年一无所获，只留下“千村薜荔人遗矢，万户萧疏鬼唱歌”的悲惨景象。明代吴有性在《瘟疫论》中曾大胆猜测“温疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”，并指出“瘟疫之邪”自口鼻而入。他这种敢于突破古人思维禁锢的创造性思想彻底否定了张仲景的错误理论，如果他有一台显微镜，很可能会早于列文虎克发现微生物。然而，吴有性的创新观点被食古不化的主流中医无情地排斥和打压，错失了在传染病研究上取得突破的机会。
《伤寒论》对于传染病病因的认识在根本上是错误的，那么，在病理生理上的描述又如何呢?
三、伤寒病理邪说
法定传染病共39种，包括在历史上肆虐横行的如鼠疫、霍乱、疟疾、天花、流行性出血热等，《伤寒论》把这些外感热病统称之为伤寒。这几种可怕瘟疫的病原体分别是鼠疫杆菌、霍乱弧菌、疟原虫、天花病毒和汉坦病毒，既有细菌也有病毒和原虫，而《伤寒论》把这些可怕的微生物笼统“黑箱”为风寒之邪。几十种传染病的病原、侵袭途径、病理各异，但在张仲景看来却很简单：自然界之风之寒，吹拂于人体，其衣厚者无恙，衣薄者易病，如此而已。
《伤寒论》把传染病也即外感热病归纳为六经病(太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴)，无论何种外邪，都是自肌表，循六经，入脏腑，每一步都经历正邪交战。比如张仲景认为：风寒之邪，侵袭肌表，首当其冲者为太阳经，这叫太阳病经证(又分为中风、伤寒、温病三种);若邪在太阳经不解而内传于膀胱或大肠，其所引起的病变叫太阳腑证(分蓄水和蓄血二证);外邪进一步内侵，入里化热，成阳明病等。这看起来很有道理，实际上也是源于取类比象思维，仿佛攻城战，从城墙，循巷道，达首府，挡得住则胜王，挡不住则败寇。
中医理论因为类比让人一听就觉得很好理解，它的迷惑性也在这里，如果不站在现代医学的高度以客观事实为依据是很难批判中医的。现代医学有确凿证据表明，不同的传染病有不同的传播传入途径，而不是遵循共同途径;“外邪”(病原微生物)侵入人体后致病的机制也各不相同。
