在这50年间，现代医学的一些知识和方法开始传入中国，并挽救了很多中国人的生命。例如1910年在东北地区爆发的鼠疫，流行初期以极为迅猛的速度在东三省传播。毕业于剑桥大学医学院的马来西亚华裔伍连德受命承担了控制疫情的任务，曾在巴斯德研究所学习过细菌传染病知识的伍连德运用了现代医学的方法，采取火化尸体、大面积环境消毒、隔离患者等有效措施，切断了传染途径，在短时间内迅速遏制了这场无比凶险的疫情。
天花在中国的防治是一个惨痛的教训，充分暴露了打着传统和国粹旗号的中医界对中国人民犯下的滔天罪恶，也揭示了政府失策给百姓带来的巨大灾难。18世纪末英国医生琴纳发明了牛痘法预防天花，于19世纪初开始逐渐推广并取得了令人震惊的效果，天花疫情每年大幅度减弱，如瑞典自引入牛痘法后20年间死于天花的人数从年1.5万降至11人，欧洲各国因天花死亡的人数均呈急剧下降的趋势。1805年牛痘法自澳门传入中国内地，显示出极佳的效果并逐渐受到人们的认可。
然而势力强大的中医界面对牛痘的奇效不是接纳和推广，而是搞出了一套类似于“中西医结合”的歪理。《引种牛痘方书》云：牛痘“盖牛之物，其性属土，其气厚。”、《引种牛痘法》云：“牛在畜属土，在卦属坤，土缓而和，其性顺也，啖百草能解诸毒，非如人饮食之患，七情之火。”、《引种保婴牛痘方书》曰：“种痘之法，首在认穴”，认为牛痘应从穴位而入，沿经络引胎毒外出。直至1935年出版的《痘科学》，仍然坚持小儿出生后服用延生方、兔红丸、太极丸等中药去胎毒。
牛痘法简单易行、百试百验，砸了当时相当一部分人的饭碗，如把脉开方、种人痘、治瘢痕、药铺等等利益群体。中医界清楚地认识到中医理论是其生存的基础，坚持宣扬天花源自胎毒，顽固地以阴阳五行等歪理加以胡乱解释，宣称牛痘法不过是将胎毒引出而已。部分中医药从业者极力毁谤牛痘法，恐吓民众，甚至故意散布种牛痘必然重出天花的谎言，导致大量愚昧民众放弃种牛痘从而染上天花死亡。中医对现代医学的肆意曲解和造谣，严重迟滞了牛痘法的推广。
