首当其冲的罪魁是传染病，以鼠疫(黑死病)为例，1911～1929年间，全国各地的鼠疫流行几乎没有间断过，死亡率极高，流行高峰期屡屡出现全家死绝、全村死光的惨况。中医面对鼠疫这种烈性传染病毫无办法，既没有理论上的病因解释也没有能够产生疗效的药物，甚至连预防的基本知识都不清楚。
天花也是一种烈性传染病，爆发次数多、传播范围广。天花历来是令中国人无法摆脱的梦魇，从百姓到帝王均难以幸免。虽然中国人发现了人痘预防天花的方法，但并没有抑制住天花。因为人痘法常常引起强烈的人为发病和死亡，与感染天花的结果几乎相同，在预防意义上弊大于利，没有多少人愿意冒生命危险去预防未必能感染的疾病。人痘预防是人们在实践中观察得到的经验，更接近现代免疫学的思路，与中医理论毫无关系，中医历来认为天花病因在于胎毒。民间曾流传“生儿只算生一半，出了天花才算全”的谚语，可见天花危害之猛烈和中医之无能。
霍乱在中国直到50年代仍是危害性极大的传染病，霍乱是由病菌引起、由不洁饮食传染的急性肠道传染病。患者剧烈腹泻、脱水甚至死亡，其发病快、传播广、致死率很高。霍乱在历史上多次爆发大流行，往往造成上千万人的死亡。此外还有结核、麻风等慢性传染病，虽然没有急性传染病那样发展迅速，但患者人数众多，流行范围很广。结核病以慢性消耗的方式使人体质虚弱，多种器官受损，死亡率相当高。30 年代，全国4 亿人口中有结核病患者2700 万，每年有上百万人死于结核病。寄生虫病也是广泛流传的疾病，中医向来也没有真正认识清楚。以在中国广为流行的血吸虫病为例，中医仅仅注意到和水有关，误以为是水中有毒，称为水毒病或溪病。
中医早认为疾病的原因是上天示罚、鬼神作祟，在治疗上采用了祈祷、祭祀和诅咒等方法。直至20世纪前期，中国民间还普遍认为疾病是因为触怒了上天和神灵，导致瘟神降临的结果，放鞭炮祛除邪气、醋熏法驱避瘟神、举办迎神赛会祈求神灵庇护等诸多风俗流行甚广。当然这些方法从来就没有取得效果。
此后中医又提出了“六气致病说”，即阴、阳、风、雨、晦、明，把病因归结为六种气候的变化。再其后又有“恶毒之气”、“毒病之气”、“疠气”、“乖戾之气”、“杂气”等诸多离不开“气”的解释。中医始终没有认识到微生物，不知道病原体、传染源和传染途径。陪伴了中国人2000年的中医，在治疗和预防传染病及寄生虫病方面完全处于束手无策的状态。
