辅助治疗也请遵医嘱
微生态调节剂一般只是辅助治疗，没有必须使用之说。如果患者因细菌感染，使用广谱抗菌药物后，出现腹泻，吃酸奶后无效或不宜吃酸奶，在医生排除了消化道病原菌感染，且确实存在肠道菌群比例失调的情况下，可酌情使用，但必须在医生指导下开药，并请在服用前仔细阅读药品说明书，尤其是其中的注意事项。
功能性消化不良、慢性便秘、肠易激综合征等也可考虑使用。有研究显示每日饮用1~2杯含益生菌的B益畅菌酸奶，连续饮用2周，可以加快老年人和女性的肠道蠕动时间，明显改善便秘症状。
益生菌并非对人人有益
国内外有报道显示：服用益生菌食品或药品后，益生菌有可能通过肠道进入血液，造成菌血症甚或败血症，如果益生菌停留在心脏瓣膜上，可引起感染性心内膜炎;也有因服用含益生菌食品或药品出现D-乳酸酸中毒者，个别出现过敏反应。所以，使用益生菌，也应该慎重，尤其是一些重危病人、免疫功能低下、重症胰腺炎、先天性心脏病、风湿性心脏病、消化性溃疡、胃肠道手术后的病人。
2008年，荷兰乌得勒支大学医学中心研究者在柳叶刀杂志上报道了益生菌可能会引起重症急性胰腺炎患者肠道致命性局部缺血危险。由于益生菌对目前多种抗菌药物不敏感，具有耐药性，所以，在肠道内，也有可能把自身的耐药基因转移给其它敏感细菌，导致其它细菌产生耐药性。所以，还不能说益生菌对所有人都有益。
益生菌必须是“活菌”
重危病人、免疫力极其低下病人、胃酸过多的人、胃肠道手术后的病人、感染性心内膜炎和重症胰腺炎患者不宜，好事先咨询医生;
益生菌产品的功效重在“活”,必须低温冷藏保存。这样才能大限度地保持其中活性益生菌的数量。一般保质期在1个月内，冷藏温度控制在2~10℃左右。建议放入冰箱保鲜层，避免在温度太高或者直射光下保存，这样会引起里面活菌过度发酵，口味变酸，保健效果受影响。不宜购买常温下出售的益生菌食品或需要冷藏而未冷藏的药品。
益生菌的活性会随着温度升高而提升并进入发酵过程，长时间常温保存容易造成产品口味变化。当温度超过60℃时，益生菌即进入衰亡阶段。因此，益生菌产品好是在冷藏条件下取出后直接食用，避免微波炉、煮沸等高温加热，也必须用温开水送服，如果用超过60℃的开水送服，效果不好。如果患者正在使用某种抗菌药物，而益生菌恰好对其敏感，则益生菌的生长繁殖受到抑制，效果会不好。
一般来说，每天喝1瓶(约100ml相当于含100亿个活性乳酸菌计)活菌酸奶就能满足人体需要。 药品制剂按说明书使用。
益生菌产品虽然可以单独食用，但佳食用时间为饭后。因为食物中和胃酸后，更有利于活菌不被胃酸破坏顺利到达肠道发挥作用，所以饭后饮用或服用效果更佳。
总之，益生菌并非万能，目前国内外医学界并不推荐所有人都去使用，只有在身体健康状况需要时正确地使用，才能获益。
