不孕：40%-50%的子宫内膜异位会导致不孕。子宫内膜异位可使盆腔粘连、输卵管坚硬甚至梗阻、激素的代谢功能异常及免疫功能异常，导致孕卵逆行与子宫内膜不同步，或使孕卵本身逆行受阻而发生不孕。所以，不孕症患者行输卵管造影诊断输卵管不通时，要考虑是否有此病的存在，这样的患者必要时要做腹腔镜检查以明确诊断，特别是对盆腔检查和超声检查均没有阳性体征的不育患者行腹腔镜检查是诊断此病和临床分期的佳方法。
月经失调：受异位的子宫内膜侵犯，卵巢实质组织被破坏，使激素代谢受影响，出现月经紊乱和经期阴道流血增多，个别还会出现经前期点滴出血。这样的患者要注意排除是否合并子宫腺肌症和子宫肌瘤。
性交疼痛或者性交不适：多数病灶在子宫直肠陷窝处，有些患者子宫后位固定并性交不适或疼痛的患者要注意是否存在此病。异位的子宫内膜使周围组织肿胀，当性交时由于受阴茎抽动碰撞及子宫收缩和向上提升引起疼痛，以月经前期较为明显，而且一般多表现深部性交痛。
卵巢肿瘤：卵巢是异位的子宫内膜爱“居住”的场所，每当月经来潮，异位到卵巢的子宫内膜也会随着子宫腔内的子宫内膜发生改变，随着子宫内膜剥脱形成月经，异位到卵巢的子宫内膜也会局部出血，血液在卵巢存留，而且会越存越多，随后，包块就会不知不觉形成，并在后形成颜色像巧克力一样的囊肿——称为巧克力囊肿。
