但是事实上，目前还没有发现真下理想的肿瘤标志物，就是说临床上使用的肿瘤标志物的敏感性和特异性都达不到100%，例如，目前诊断原发性肝癌好的标志物甲胎蛋白（AFP），大部分原发性肝癌都会检测到AFP的升高，但也有20%~30%的原发性肝癌始终不升高，这是说它的敏感性不够高；另外一些没有症状的乙型肝炎、肝硬化或脂肪肝患者血中AFP也可能升高，这是说在非肿瘤患者出现AFP的升高，说明它的特异性还是不够理想。
再如癌胚抗原（CEA）常用于结直肠癌的辅助诊断和疗效检测，但部分胃癌、乳腺癌、肺癌等肿瘤患者血中CEA也会升高，这说明它的器官特异性不够好。就是说如果在没有其他检查结果的情况下，单纯CEA升高，还不能确定是否患了肿瘤或是哪种肿瘤。但如果病人有血便，临床检查肠内有可疑肿块，CEA升高，这提示患有肠癌的可能性就很大了。如果确诊是结直肠癌，在手术或化疗前CLA的数值高，在手术切除结直肠癌或化疗一段时间后，CEA明显降低，或达到正常水平，说明手术或化疗有效。如果通过随访监测，CE A一直保持在这个正常的水平，说明病情稳定。如果过了若干时间后，检测到CEA有较明显升高，提示结直肠癌可能复发或转移，说明治疗效果不佳。由此可以看出，肿瘤标志物对于肿瘤的辅助诊断、治疗疗效的观察、判断转移或复发具有重要作用。
目前临床上常用的肿瘤标志物有十几种，都是敏感性和特异性较好的标志物。但同时我们还要知道，这些肿瘤标志物除了在患肿瘤后升高外，一些良性疾病或正常人也可能升高。如CEA除了结直肠癌等肿瘤升高外，肝炎、肺气肿、直肠息肉、结肠炎等良性疾病CEA可有轻度升高。
症常人吸烟后CEA也可升高。所以一旦发现肿瘤标志物升高不要过于惊慌，要排除可能的因素，查明原因。
