英国卫生防护局的防护指南中根据感染几率及危害性能将所有病原体分成高、中、低三个级别。在鱼疗中，比较常见或高危感染主要包括由于感染海分枝杆菌造成泳池肉芽肿（或称鱼缸肉芽肿），感染绿脓杆菌造成毛囊炎、湿疹等等。但是防护局同时也指出了，这样的传播可能是通过淡红墨头鱼，亦可能是通过浴池地板的接触传播，或通过浴池水的直接传播。
合理的干预和质量管理措施对于任何行业都有保障意义，英国卫生防护局的防护指南中建议，通过以下5个方法可以保证鱼疗在较为安全的方式下进行：
1、化学消毒；
2、高密度UV紫外线灭菌；
3、过滤：
4、水温控制：
5、换水。
此外，具体的操作其实应该还包括进口可靠供应商的鱼苗，如在欧洲，就由统一的机构为所有鱼疗服务提供可靠的淡红墨头鱼鱼苗。用于治疗的小鱼应该在5-10厘米大小（1-1.5岁）左右。为确保小鱼不会过度饥饿导致人体损伤，还应保持一定的鱼饲料投放量。
值得一提的是，国外的那些较为正规的鱼疗服务有别于国内常见的那种大池养育温泉小鱼的方式，他们设有治疗浴缸，每个浴缸容量约为1100升，使用时装约80%的温水，根据病人皮损的大小和严重程度，装入250-400条小鱼。治疗浴缸中的水应该得到专业的过滤和紫外线消毒，同时应保证含氧丰富以维持小鱼的生存。为确保水的清洁，每天置换的水量应该是浴缸水的3-4倍之间。还配备了温度控制的相应措施，每天对鱼疗使用的水缸单独加温至70℃并保持1小时，这样对一些病原体有较好的灭活作用。平时使用时的水缸水保持在36-37℃。每个患者使用一个独立的浴缸，以免造成交叉感染。
为确保不会有任何潜在的人畜共患病感染的风险，常见的可能造成感染的细菌应每周检测一次，如军团菌、绿脓杆菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌、豚鼠气单胞菌、海分枝杆菌和鱼分枝杆菌等。
虽然温泉鱼疗传播乙肝、艾滋病这样的血液传播性疾病可能性微乎其微。但这并不是说它100%安全，相反，若消毒工作没有做好，这种所谓的治疗有传播某些庋肤病的风险。鉴于国内缺乏相关的标准和行业守则，以及动物福利上的考量，体验这种难说对美容、治疗皮肤病有效果的疗法前还是三思为好。
