随着鱼疗事业的兴盛，一些政府卫生部门开始意识到其中的潜在卫生问题。即使在缺乏科学证据的情况下，美国的部分州和加拿大的部分省还是对此疗法提出了禁令。他们禁止的依据包括如下3个方面：
1、鱼疗所使用的器械，包括盛载容器没有获得严格的消毒；
2、动物疗法在各种美容美发中心没有办法保证其安全性，应该被禁止：
3、淡红墨头鱼是因为饥饿才会啃噬人类的皮肤，这种疗法难免损害动物福利。
华尔街日报曾调侃道： “美容法规定，一般工具应在每次使用后丢弃或消毒，但是如果要每次丢弃这种小鱼，很明显成本太高。而解决方法是用350度的高温对小鱼烘烤20分钟。”而英国有i 300家开展鱼疗服务的机构，甚至一些大型的购物商场内也有美容机构开展鱼疗服务，相当红火。英国卫生防护局因此就鱼疗服务的情况对其环境健康和安全进行了一系列的评估，并将报告发表成相关的健康指南。微博流言中提到的来自“英国mansion88 app ”的报道，就是出自这个指南。
我们再来看看令人闻之色变的艾滋病和乙型肝炎，这种疾病能通过人体的血液及其他体液传播，同样传播方式的疾病还包括丙型肝炎。其中，乙型肝炎的传播效率高，同时，乙型肝炎病毒在环境中的耐受性好，能在环境中存活的时间长，是上述三个疾病中易传播的。但上述所指的传播，一般是指日常生活中的体液交流时的传播，并未包括在泳池和鱼疗池等这种特殊情况下。
事实上，淡红墨头鱼没有牙齿，并且仅以死皮为食，而覆盖我们身体和足部的皮肤相对较厚，淡红墨头鱼能造成皮肤开创住伤口的可能性很小。即使我们假定这种小鱼真的能造成创口，创口又真的有体液渗出，但这些体液在浴池中经过大量的池水稀释，病毒经过漫长的旅程找到另一位具有伤口的宿主，并造成其感染，机会也相当微小。英国卫生防护局的报道里提到，温泉鱼疗传播艾滋病、乙肝的风险无法绝对排除，但是它同时还提到，至今尚未有一例因此感染的案例。结果，这份报道被某些人断章取义，大肆宣扬，温泉鱼莫名其妙就变成了传播艾滋病和肝炎的绝对元凶。
其实，从公共卫生的角度考虑，我们更应该担心的是鱼疗潜在性的细菌和寄生虫的感染风险。盛载小鱼的鱼池，水温一般和体温相近，小鱼在池中解决吃和排泄，若没有妥善处理，鱼池可能成为绝佳的病原体繁殖的环境。
