少数严重的沙眼可引起很多严重的后遗症与并发症，如睑内翻及倒睫、睑球粘连、慢性泪囊炎、实质性结膜干燥症、角膜溃疡等，此时则出现明显刺激症状，视力也可不同程度地受损。
典型的沙眼在临床上容易诊断，轻型早期病例则较困难，易与其他结膜病相混淆，因为乳头滤泡并不是沙眼的特异性改变。
1979年中华医学会眼科学会决定，沙眼的诊断依据为：
①上穹窿部和上睑结膜血管模糊充血，乳头增生或滤泡形成，或二者兼有。
②用放大镜或裂隙灯角膜显微镜检查可见角膜血管翳。
③上穹窿部和上睑结膜出现瘢痕。
④结膜刮片找到沙眼包涵体。在第一项的基础上，兼有其他三项中之一者可以诊断为沙眼。
